Mình chưa rõ hình thức dịch vụ của bạn là chuyển khẩu hay tạm nhập - tái xuất hay là quá cảnh.
Bạn có thể dựa vào các căn cứ tại Luật Thương mại 2005 để xác định hình thức cung cấp dịch vụ hiện tại được không?
Điều 29. Tạm nhập, tái xuất, tạm xuất, tái nhập hàng hoá
1. Tạm nhập, tái xuất hàng hóa là việc hàng hoá được đưa từ nước ngoài hoặc từ các khu vực đặc biệt nằm trên lãnh thổ Việt Nam được coi là khu vực hải quan riêng theo quy định của pháp luật vào Việt Nam, có làm thủ tục nhập khẩu vào Việt Nam và làm thủ tục xuất khẩu chính hàng hoá đó ra khỏi Việt Nam.
Điều 30. Chuyển khẩu hàng hoá
1. Chuyển khẩu hàng hóa là việc mua hàng từ một nước, vùng lãnh thổ để bán sang một nước, vùng lãnh thổ ngoài lãnh thổ Việt Nam mà không làm thủ tục nhập khẩu vào Việt Nam và không làm thủ tục xuất khẩu ra khỏi Việt Nam.
Điều 241. Quá cảnh hàng hóa
Quá cảnh hàng hóa là việc vận chuyển hàng hóa thuộc sở hữu của tổ chức, cá nhân nước ngoài qua lãnh thổ Việt Nam, kể cả việc trung chuyển, chuyển tải, lưu kho, chia tách lô hàng, thay đổi phương thức vận tải hoặc các công việc khác được thực hiện trong thời gian quá cảnh"
- Sau khi xác định được hình thức của dịch vụ, bạn căn cứ vào quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC về thuế GTGT và Nghị định 134/2016/NĐ-CP về thuế XNK nhé.