Đối với trường hợp mất hóa đơn giá trị gia tăng đầu vào liên 2, việc xử lý căn cứ Khoản 2 Điều 24 Thông tư 39/2014/TT-BTC:
"2. Trường hợp khi bán hàng hóa, dịch vụ người bán đã lập hóa đơn theo đúng quy định nhưng sau đó người bán hoặc người mua làm mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn bản gốc đã lập thì người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ liên 1 của hóa đơn người bán hàng khai, nộp thuế trong tháng nào, ký và ghi rõ họ tên của người đại diện theo pháp luật (hoặc người được ủy quyền), đóng dấu (nếu có) trên biên bản và người bán sao chụp liên 1 của hóa đơn, ký xác nhận của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu trên bản sao hóa đơn để giao cho người mua. Người mua được sử dụng hóa đơn bản sao có ký xác nhận, đóng dấu (nếu có) của người bán kèm theo biên bản về việc mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế. Người bán và người mua phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của việc mất, cháy, hỏng hóa đơn.
Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn liên 2 đã sử dụng có liên quan đến bên thứ ba (ví dụ: bên thứ ba là bên vận chuyển hàng hoặc bên chuyển hóa đơn) thì căn cứ vào việc bên thứ ba do người bán hoặc người mua thuê để xác định trách nhiệm và xử phạt người bán hoặc người mua theo quy định."
Khi bên mua làm mất hóa đơn, sẽ bị xử phạt căn cứ theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Thông tư 10/2014/TT-BTC được sửa đổi bởi Khoản 6 Điều 1 Thông tư 176/2016/TT-BTC:
"1. Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi làm mất, cháy, hỏng hoá đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) để hạch toán kế toán, kê khai thuế và thanh toán vốn ngân sách; trừ trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn do thiên tai, hỏa hoạn hoặc do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng khác thì không bị xử phạt tiền.
Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng), người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, người bán đã kê khai, nộp thuế, có hợp đồng, chứng từ chứng minh việc mua bán hàng hóa, dịch vụ và có một tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt ở mức tối thiểu của khung tiền phạt; nếu có từ hai tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt cảnh cáo.
Trường hợp người mua tìm lại được hoá đơn đã mất và báo cáo lại với cơ quan thuế trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định xử phạt thì người mua không bị phạt tiền.
..."
Căn cứ theo những quy định trên, công ty chị nếu tìm lại được hóa đơn đã mất và báo cáo lại với cơ quan thuế trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định xử phạt thì không bị phạt tiền.
Bên bán sử dụng hóa đơn đầu ra để hạch toán, kê khai thuế do đó việc mất hóa đơn GTGT đầu vào (liên 2) không ảnh hưởng đến việc kê khai thuế của bên bán.
Khi hóa đơn mất, bên bán và bên mua lập biên bản ghi nhận sự việc theo quy định tại Khoản 2 Điều 24 Thông tư 39/2014/TT-BTC. Công ty chị được sử dụng hóa đơn bản sao có ký xác nhận, đóng dấu (nếu có) của người bán kèm theo biên bản về việc mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế.
