VẤN ĐỀ THANH TOÁN TRONG HỢP ĐỒNG GIA CÔNG - mọi người giúp mình với ạ

Công ty tôi là công ty may mặc, có nhận gia công cho Công ty A số lượng hơn 4000 áo khoác nữ với giá trị hợp đồng là 100 triệu đồng.Hai bên có kí với nhau hợp đồng gia công. Trong hợp đồng ghi rõ là  " Nếu sau khi ký vào biên bản kiểm tra nhận hàng và kiểm tra hàng lần cuối hoặc khi vận chuyển về đến kho Bên A, Bên A mới phát hiện ra lỗi thì phải để nguyên hiện trường và gửi văn bản thông báo cho Bên B trong vòng 03 ngày. Hai bên sẽ tiến hành kiểm tra và đánh giá lỗi do bên nào gây ra để giải quyết. Nếu không giải quyết và thỏa thuận được hướng khắc phục sẽ nhờ đến cơ quan chức năng có thẩm quyền." Nhưng bên A không hề thông báo gì cho công ty toi, đến khi chúng tôi gửi thông báo công nợ bên A không phản hồi, vài ngày sau gửi lại công nợ khác, trừ mất số tiền 100 triệu ban đầu còn 88 triệu. Tiền từ hao này bao gồm tiền tái chế, tiền đồ bị hư.

Công ty tôi không đồng ý với khoản trừ này vì cho rằng không có căn cứ. Bên A cho rằng vì bên phía mà bên A nhận gia công trừ của họ nên họ trừ lại Công ty tôi. Điều này hợp lý không? Chúng tôi cần làm gì để bảo vệ quyền lợicủa công ty mình?