Chào bạn, theo quy định của Luật Quản lý thuế năm 2006, sửa đổi năm 2012 thì:
Điều 57. Các trường hợp thuộc diện hoàn thuế
Cơ quan quản lý thuế thực hiện hoàn thuế đối với các trường hợp sau đây:
1. Tổ chức, cá nhân thuộc diện được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của Luật thuế giá trị gia tăng;
2. Tổ chức, cá nhân thuộc diện được hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;
3. Cá nhân thuộc diện được hoàn thuế thu nhập cá nhân theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập cá nhân;
4. Tổ chức, cá nhân kinh doanh thuộc diện được hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt;
5. Tổ chức, cá nhân nộp các loại thuế khác có số tiền thuế đã nộp vào ngân sách nhà nước lớn hơn số tiền thuế phải nộp.
Điều 58. Hồ sơ hoàn thuế
1. Hồ sơ hoàn thuế bao gồm:
a) Văn bản yêu cầu hoàn thuế;
b) Các tài liệu liên quan đến yêu cầu hoàn thuế.
2. Hồ sơ hoàn thuế được nộp một bộ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc tại cơ quan hải quan có thẩm quyền hoàn thuế.
Theo các quy định này thì bạn có quyền được hoàn thuế nhưng bạn phải làm hồ sơ đầy đủ. Bạn chỉ có thể khấu trừ từ số tiền thừa đó qua các loại thuế khác, tuy nhiên tôi nghĩ việc này là không cần thiết. Khi bạn được hoàn tiền bạn có thể nộp thuế với tư cách mới hoàn toàn với bất kỳ loại thuế nào.