Về vấn đề của anh, anh kiểm tra tại Điều 3 Thông tư 78/2014/TT-BTC có nêu một trường hợp đặc thù khác:
Điều 3. Phương pháp tính thuế
...
5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:
+ Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%.
Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật: 2%.
+ Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%.
+ Đối với hoạt động khác: 2%.
Ví dụ 3: Đơn vị sự nghiệp A có phát sinh hoạt động cho thuê nhà, doanh thu cho thuê nhà một (01) năm là 100 triệu đồng, đơn vị không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động cho thuê nhà nêu trên do vậy đơn vị lựa chọn kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ như sau:
Số thuế TNDN phải nộp = 100.000.000 đồng x 5% = 5.000.000 đồng.
Theo đó, nếu đơn vị sự nghiệp xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì thuế suất áp dụng đối với hoạt động dịch vụ là 5%.
