Doanh nghiệp nộp thừa thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu cho cơ quan hải quan thì cần làm thủ tục gì để được hoàn thuế? Trong trường hợp nộp thừa thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu thì thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng sẽ thực hiện tại cơ quan thuế hay cơ quan hải quan?
1. Cơ quan nào thực hiện thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu?
Căn cứ Điều 22 Thông tư 219/2013/TT-BTC thì cơ quan Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế giá trị gia tăng và hoàn thuế giá trị gia tăng đối với cơ sở kinh doanh; cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa nhập khẩu.
Cũng theo hướng dẫn tại Công văn 4213/TCHQ-TXNK năm 2022 hướng dẫn việc hoàn thuế giá trị gia tăng đã nộp tại khâu nhập khẩu do Tổng cục Hải quan ban hành thì:
- Căn cứ khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: “Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ.”.
- Căn cứ Điều 22 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định việc tổ chức thu thuế GTGT: “Cơ quan Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế giá trị gia tăng và hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh; Cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu”.
- Căn cứ khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 131 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định: “4. Việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn thực hiện theo quy định tại Điều 132 Thông tư này. Số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa được xử lý đồng thời với thuế nhập khẩu (nếu có).”.
- Căn cứ các quy định nêu trên, cơ quan hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu. Cơ quan Thuế thực hiện hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh.
Như vậy, cơ quan hải quan sẽ thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu.
2. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu
Thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng nhập khẩu do nộp thừa được thực hiện theo quy định tại Điều 131 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC), trong đó:
- Người nộp thuế cần khai đầy đủ các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 03 Phụ lục IIa ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC gửi đến cơ quan hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
- Trường hợp hồ sơ giấy người nộp thuế nộp công văn đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 27/CVĐNHNT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
