Về vấn đề của bạn, trước tiên cần xác định nội dung của Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư của bên nhận chuyển nhượng vốn là như thế nào. Nếu việc nhận chuyển nhượng đó làm thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thì trước tiên bên nhận chuyển nhượng sẽ phải làm thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Việc điều chỉnh được quy định tại Điều 41 Luật Đầu tư 2020. Điều này được hướng dẫn bởi Mục 4 Chương IV Nghị định 31/2021/NĐ-CP (bạn lưu ý Điều 47).
Sau khi điều chỉnh xong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, hai bên tiến hành lập hợp đồng chuyển nhượng vốn. Khi chuyển nhượng vốn xong thì bên công ty nhận chuyển nhượng sẽ tiếp tục thực hiện thủ tục với cơ quan đăng ký kinh doanh về việc Thay đổi loại hình doanh nghiệp từ công ty TNHH hai thành viên thành công ty TNHH MTV. Trình tự, thủ tục, hồ sơ thực hiện bạn có thể tham khảo tại liên kết sau: https://khoinghiep.thuvienphapluat.vn/chuyen-doi-thanh-cong-ty-tnhh-mtv-trong-cong-ty-tnhh/306.html
Những việc cần làm khi thay đổi loại hình doanh nghiệp thì bạn có thể tham khảo tại bài viết sau: https://khoinghiep.thuvienphapluat.vn/bai-viet/nhung-viec-can-lam-khi-thay-doi-loai-hinh-doanh-nghiep-254.html
Bạn lưu ý rằng, ở đây nghĩa vụ thuế phát sinh đối với bên chuyển nhượng vốn chứ không phát sinh với bên nhận chuyển nhượng, giá chuyển nhượng do hai bên thỏa thuận, việc chuyển nhượng giá cao hơn giá trị góp vốn là quyền của các bên khi thỏa thuận, cụ thể là của hai nhà đầu tư góp vốn chứ không liên quan gì công ty TNHH được thành lập tại Việt Nam.
Theo quy định tại Điểm d Khoản 8 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định về các trường hợp không chịu thuế GTGT như sau:
d) Chuyển nhượng vốn bao gồm việc chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ số vốn đã đầu tư vào tổ chức kinh tế khác (không phân biệt có thành lập hay không thành lập pháp nhân mới), chuyển nhượng chứng khoán, chuyển nhượng quyền góp vốn và các hình thức chuyển nhượng vốn khác theo quy định của pháp luật, kể cả trường hợp bán doanh nghiệp cho doanh nghiệp khác để sản xuất kinh doanh và doanh nghiệp mua kế thừa toàn bộ quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp bán theo quy định của pháp luật.
Theo đó, việc chuyển nhượng vốn này sẽ không chịu thuế GTGT. Liên quan đến nghĩa vụ thuế khác, nếu bên chuyển nhượng là cá nhân thì sẽ chịu thuế TNCN, nếu bên chuyển nhượng là tổ chức thì sẽ chịu thuế TNDN từ hoạt động động chuyển nhượng vốn.
