"d) Cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung, cụm công nghiệp quy định tại khoản 2 Điều 39 của Luật này đã đi vào vận hành chính thức trước ngày Luật này có hiệu lực thi hành phải có giấy phép môi trường trong thời hạn 36 tháng kể từ ngày Luật này có hiệu lực thi hành, trừ trường hợp đã được cơ quan có thẩm quyền cấp giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường, giấy chứng nhận đạt tiêu chuẩn môi trường, giấy xác nhận đủ điều kiện về bảo vệ môi trường trong nhập khẩu phế liệu từ nước ngoài làm nguyên liệu sản xuất, giấy phép xử lý chất thải nguy hại, giấy phép xả nước thải vào nguồn nước, giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi (sau đây gọi chung là giấy phép môi trường thành phần). Giấy phép môi trường thành phần được tiếp tục sử dụng như giấy phép môi trường đến hết thời hạn của giấy phép môi trường thành phần hoặc được tiếp tục sử dụng trong thời hạn 05 năm kể từ ngày Luật này có hiệu lực thi hành trong trường hợp giấy phép môi trường thành phần không xác định thời hạn."
Theo đó, nội dung "36 tháng kể từ ngày Luật này có hiệu lực thi hành" chỉ áp dụng cho các trường hợp chung tại phần trước đó là "Cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung, cụm công nghiệp quy định tại khoản 2 Điều 39 của Luật này đã đi vào vận hành chính thức trước ngày Luật này có hiệu lực thi hành phải có giấy phép môi trường".
Còn trường hợp của bạn là nằm phía sau, thuộc phần "trừ trường hợp" đã được cấp giấy phép môi trường thành phần. Lúc này, khi đơn vị bạn có giấy phép xả nước thải vào nguồn nước hay giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi thì chỉ được tiếp tục sử dụng như giấy phép môi trường đến hết thời hạn của giấy phép môi trường thành phần mà thôi chứ không áp dụng quy định được phép cấp trong vòng 36 tháng kể từ ngày Luật này có hiệu lực thi hành. Vì vậy, khi hết hạn giấy phép, công ty bạn phải có Giấy phép môi trường tương ứng. Nếu không có mà tiếp tục thực hiện thì sẽ bị xử phạt hành vi không có Giấy phép môi trường.
Tuy nhiên, trên đây là nội dung nhận định của cá nhân mình theo quy định tại văn bản quy phạm pháp luật. Để chính xác thì bạn vẫn nên liên hệ trực tiếp cơ quan quản lý về môi trường tại địa phương để được hỗ trợ nhanh chóng và chi tiết nhất.