Tại khoản 4 Điều 40 Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự 2015 thì quy định đối với sự việc có dấu hiệu phạm tội mà chưa xác định rõ thẩm quyền Điều tra thì cơ quan Điều tra nào phát hiện trước phải áp dụng ngay các hoạt động Điều tra theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự và Luật này; khi đã xác định được thẩm quyền Điều tra thì chuyển vụ án cho Cơ quan Điều tra có thẩm quyền theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự.
Tại khoản 2 Điều 163 Bộ luật Tố tụng hình sự 2015 quy định thẩm quyền điều tra:
- Cơ quan điều tra của Công an nhân dân điều tra tất cả các tội phạm, trừ những tội phạm thuộc thẩm quyền điều tra của Cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân và Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao.
- Cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân điều tra các tội phạm thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự.
- Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Cơ quan điều tra Viện kiểm sát quân sự trung ương điều tra tội phạm xâm phạm hoạt động tư pháp, tội phạm về tham nhũng, chức vụ quy định tại Chương XXIII và Chương XXIV của Bộ luật hình sự xảy ra trong hoạt động tư pháp mà người phạm tội là cán bộ, công chức thuộc Cơ quan điều tra, Tòa án, Viện kiểm sát, cơ quan thi hành án, người có thẩm quyền tiến hành hoạt động tư pháp.
Theo quy định tại Điều 3 Pháp lệnh tổ chức tòa án quân sự 2002 thì các Toà án quân sự có thẩm quyền xét xử những vụ án hình sự mà bị cáo là:
“1. Quân nhân tại ngũ, công chức, công nhân quốc phòng, quân nhân dự bị trong thời gian tập trung huấn luyện hoặc kiểm tra tình trạng sẵn sàng chiến đấu; dân quân, tự vệ phối thuộc với Quân đội trong chiến đấu, phục vụ chiến đấu và những người được trưng tập làm nhiệm vụ quân sự do các đơn vị quân đội trực tiếp quản lý;
2. Những người không thuộc các đối tượng quy định tại khoản 1 Điều này mà phạm tội có liên quan đến bí mật quân sự hoặc gây thiệt hại cho Quân đội.”
Thẩm quyền xét xử những vụ án hình sự được hướng dẫn cụ thể thêm tại Mục I Thông tư liên tịch01/2005/TTLT-TANDTC-VKSNDTC-BQP-BCA .
Như vậy,để biết được cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân có thẩm quyền điều tra hay không phải căn cứ vào vụ án có thuộc thẩm quyền xét xử của Toà án quân sự hay không.
Trong trường hợp khi quân nhân về hưu sẽ không là đối tượng thuộc thẩm quyền xét xử của tại khoản 1 Điều 3 Pháp lệnh tổ chức tòa án quân sự 2002 nhưng khi hành vi phạm tội có liên quan đến bí mật quân sự hoặc gây thiệt hại cho Quân đội thì vẫn thuộc thẩm quyền xét xử của Toà án quân sự và cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân có thẩm quyền điều tra.
