Căn cứ Điều 5 Thông tư 302/2016/TT-BTC hướng dẫn về lệ phí môn bài quy định về khai và nộp lệ phí môn bài có quy định như sau:
"Khai, nộp lệ phí môn bài đối với tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ.
- Khai lệ phí môn bài
+ Khai lệ phí môn bài một lần khi tổ chức mới ra hoạt động kinh doanh, chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng bắt đầu hoạt động sản xuất kinh doanh;
+ Trường hợp người nộp lệ phí có đơn vị phụ thuộc (chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) kinh doanh ở cùng địa phương cấp tỉnh thì người nộp lệ phí thực hiện nộp Hồ sơ khai lệ phí môn bài của các đơn vị phụ thuộc đó cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của người nộp lệ phí;
+ Trường hợp người nộp lệ phí có đơn vị phụ thuộc (chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) kinh doanh ở khác địa phương cấp tỉnh nơi người nộp lệ phí có trụ sở chính thì đơn vị phụ thuộc thực hiện nộp Hồ sơ khai lệ phí môn bài của đơn vị phụ thuộc cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị phụ thuộc.
+ Trường hợp người nộp lệ phí mới thành lập cơ sở kinh doanh nhưng chưa hoạt động sản xuất kinh doanh thì phải khai lệ phí môn bài trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và đăng ký thuế hoặc ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp; ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh; ngày ban hành văn bản phê duyệt chủ trương đầu tư."
Như vậy trường hợp tăng vốn điều lệ doanh nghiệp không phải là trường hợp phải kê khai lệ phí môn bài theo quy định của pháp luật.
Vì thuế môn bài là một loại thuế trực thu, nộp hằng năm do vậy căn cứ Điều 4 Thông tư 302/2016/TT-BTC hướng dẫn về lệ phí môn bài quy định về mức thu lệ phí môn bài theo đó:
"Trường hợp tổ chức nêu tại Điểm a, b Khoản này có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài."
Như vậy vốn điều lệ chỉ là căn cứ để tính mức thu thuế môn bài chứ không phải là căn cứ để khai lệ phí môn bài. Hiện nay theo Công văn 1279/TCT-CS năm 2017 vướng mắc lệ phí môn bài có hướng dẫn về vấn đề trên theo đó:
Người nộp thuế chỉ khai lệ phí môn bài một lần khi mới ra kinh doanh. Trường hợp tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì không phải nộp hồ sơ khai lệ phí môn bài. Hiện nay đã có cơ chế trao đổi thông tin về doanh nghiệp giữa Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và Hệ thống thông tin thuế.
