Chào bạn,
Về trường hợp bạn nêu ra, mình xin tư vấn sơ bộ cho bạn như sau:
Trước hết, dựa vào thông tin bạn cung cấp, mình hiểu hai bảo lãnh ở đây đều là bảo lãnh không điều kiện nên khi Công ty bạn (dù không vi phạm hợp đồng xây lắp do Chủ đầu tư chậm bàn giao mặt bằng) không thực hiện được Hợp đồng đã ký với Chủ đầu tư thì phía Chủ đầu tư đã yêu cầu Ngân hàng thực hiện trách nhiệm bảo lãnh.
Về nguyên tắc, khi chứng thư bảo lãnh hết hiệu lực thì trách nhiệm của Ngân hàng đối với việc bảo lãnh cũng chấm dứt. Tuy nhiên ở trường hợp này, Chủ đầu tư đã yêu cầu Ngân hàng thực hiện trách nhiệm bảo lãnh vào ngày 26/8/2016 (trước ngày hết hiệu lực của chứng thư bảo lãnh) nên việc làm này là phù hợp vì như bạn đã nêu: "Thời hạn thi công theo hợp đồng xây lắp là 30/8/2016" nhưng đến thời hạn đó Chủ Đầu tư đã nhìn nhận thấy rủi ro là phía Công ty bạn không có khả năng thực hiện (do không nhận được bàn giao được mặt bằng) nên họ đã phát đi văn bản yêu cầu Ngân hàng thực hiện trách nhiệm bảo lãnh. Ở đây, thời gian là phù hợp vì hiệu lực của bảo lãnh là đến 30/8/2016. Do vậy, trong trường hợp này, Ngân hàng bắt buộc phải thực hiện trách nhiệm bảo lãnh đối với Chủ đầu tư.
Về thời gian Ngân hàng yêu cầu Công ty bạn chuẩn bị tiền (ngày 22/9/2016) để Ngân hàng thực hiện trách nhiệm bảo lãnh: Điều này, theo quan điểm của mình hoàn toàn được vì có thể Ngân hàng đã thống nhất được với phía Chủ đầu tư về ngày Ngân hàng sẽ trả tiền cho Chủ đầu tư (có thể chậm nhất vào ngày 22/9/2016). Trường hợp, nếu đến ngày đó dù Công ty bạn không chuẩn bị được tiền thì Ngân hàng vẫn phải có trách nhiệm chi trả số tiền bảo lãnh họ đã cam kết thực hiện đối với Chủ đầu tư. Nếu Ngân hàng không chi trả thì Chủ đầu tư hoàn toàn có thể khởi kiện để đảm bảo quyền lợi. Mặt khác, ở đây Ngân hàng yêu cầu phía Công ty bạn làm vậy cũng là một biện pháp hạn chế rủi cho cho Ngân hàng (phòng trường hợp Ngân hàng tự chi trả bằng tiền của Ngân hàng nhưng sau đó lại phải quay ra đòi khoản tiền này tư Công ty bạn. Mà trường hợp Công ty bạn không có tiền sẵn thì có nguy cơ dẫn đến quá trình tố tụng để đòi khoản tiền này).
Từ phân tích nêu trên, theo quan điểm của mình: Việc làm của Ngân hàng là đúng (thời điểm Chủ đầu tư yêu cầu thì bảo lãnh còn hiệu lực nên Ngân hàng phải có trách nhiệm thực hiện; ngoài ra do Ngân hàng cũng muốn hạn chế rủi ro).
Trường hợp này, Công ty bạn đương nhiên là bên bị tổn hại nhiều nhất (vì phải mất phí bảo lãnh; phải trả lại tiền tạm ứng và khoản tiền bảo lãnh thực hiện hợp đồng). Để hạn chế các rủi ro, bạn cần rà soát lại Hợp đồng đã ký, xem xét đến trách nhiệm của Chủ đầu tư khi không bàn giao được mặt bằng (hoặc không thanh toán ...) để có hướng xử lý phù hợp. Tuy nhiên, theo mình, đối với các Hợp đồng bắt buộc phải có bảo lãnh thì Công ty bạn cần phải xem xét kỹ các điều khoản (như về trách nhiệm khi không bàn giao được mặt bằng như trường hợp bạn nêu chẳng hạn) để hạn chế và phòng ngừa các rủi ro.
Trên đây là một số ý kiến tư vấn của mình. Chúc bạn và Công ty sớm giải quyết được vấn đề khúc mắc, đảm bảo được quyền lợi của mình.