Căn cứ theo quy định tại Khoản 2 Điều 2 Thông tư 111/2013/TT-BTC Hướng dẫn Luật thuế thu nhập cá nhân và Nghị định 65/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành:
"Điều 2. Các khoản thu nhập chịu thuế
2. Thu nhập từ tiền lương, tiền công
Thu nhập từ tiền lương, tiền công là thu nhập người lao động nhận được từ người sử dụng lao động, bao gồm:
a) Tiền lương, tiền công và các khoản có tính chất tiền lương, tiền công dưới các hình thức bằng tiền hoặc không bằng tiền.
b) Các khoản phụ cấp, trợ cấp, trừ các khoản phụ cấp, trợ cấp sau:
....
b.10) Phụ cấp đối với nhân viên y tế thôn, bản.
b.11) Phụ cấp đặc thù ngành nghề.
Như vậy, đối với phụ cấp đặc thù ngành nghề thì không tính vào thu nhập chịu thuế để tính thuế thu nhập cá nhân.
Về phụ cấp phẫu thuật, thủ thuật thực hiện theo quy định tại Quyết định 73/2011/QĐ-TTg về chế độ phụ cấp đặc thù đối với công chức, viên chức, người lao động trong cơ sở y tế công lập và chế độ phụ cấp chống dịch do Thủ tướng Chính phủ ban hành. Theo đó, những khoản phụ cấp trong Quyết định 73 này là phụ cấp đặc thù ngành nghề nên không tính vào thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân. Trong trường hợp chi trả phụ cấp ngành nghề cao hơn mức quy định thì khoản chi trả cao hơn phải tính vào thu nhập chịu thuế khi tính thuế thu nhập cá nhân (xem cụ thể tại Công văn 42694/CT-HTr năm 2016 về thuế thu nhập cá nhân đối với các khoản trợ cấp, phụ cấp do Cục thuế thành phố Hà Nội ban hành).
