Trường hợp thôi giữ chức vụ lãnh đạo do sắp xếp tổ chức theo Nghị định số 108/2014/NĐ-CP ngày 20/11/2014 của Chính phủ về chính sách tinh giản biên chế (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 113/2018/NĐ-CP, Nghị định 143/2020/NĐ-CP) thì việc bảo lưu mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo thực hiện theo quy định tại Điều 11 Nghị định số 108/2014/NĐ-CP và Điều 9 Thông tư liên tịch số 01/2015/TTLT-BNV-BTCcủa Bộ Nội vụ và Bộ Tài chính hướng dẫn một số điều của Nghị định số 108/2014/NĐ-CP.
Điều 11 Nghị định số 108/2014/NĐ-CP quy định về chính sách đối với những người thôi giữ chức vụ lãnh đạo hoặc được bổ nhiệm, bầu cử vào chức vụ khác có phụ cấp chức vụ lãnh đạo mới thấp hơn do sắp xếp tổ chức như sau:
“…công chức… do sắp xếp tổ chức thôi giữ chức vụ lãnh đạo hoặc được bổ nhiệm, bầu cử vào chức vụ mới có phụ cấp chức vụ lãnh đạo thấp hơn so với phụ cấp chức vụ lãnh đạo đang hưởng thì được bảo lưu phụ cấp chức vụ lãnh đạo đang hưởng đến hết thời hạn giữ chức vụ bổ nhiệm hoặc hết nhiệm kỳ bầu cử. Trường hợp đã giữ chức vụ theo thời hạn được bổ nhiệm hoặc nhiệm kỳ bầu cử còn dưới 06 tháng thì được bảo lưu 06 tháng."
Theo đó, sau khi sáp nhập 2 cơ quan chị thôi giữ chức vụ thì được bảo lưu phụ cấp chức vụ lãnh đạo đang hưởng đến hết thời hạn giữ chức vụ bổ nhiệm. Trường hợp đã giữ chức vụ theo thời hạn được bổ nhiệm hoặc nhiệm kỳ bầu cử còn dưới 06 tháng thì được bảo lưu 06 tháng.