Khách hàng không nhận hóa đơn GTGT, vẫn làm báo cáo thuế_được không?

Luật sư cho e hỏi là e bán hàng cho khách và viết hóa đơn rồi làm hợp đồng rồi, trên hóa đơn bên người mua họ cũng đã ký rồi, khách hàng mang hóa đơn về mấy hôm rồi mang lại cả hợp đồng và hóa đơn nói là không lấy hóa đơn nữa, hàng thì cũng bán cho bên đó rồi, e chưa kê khai thuế? cho e hỏi là giờ e lên làm thế nào có lên làm biên bản hủy không?

Chaò luật sư,

Em là nhân viên mới vào làm, trước  đó có chị kia nhưng bị tai nạn đột xuất nghỉ làm nên không bàn giao công việc lại cho em. Công ty em hoạt động đã được mấy năm rồi nhưng khách hàng lại biết đến công ty theo tên cơ sở được mười mấy năm nay nên công ty em vừa hoạt động theo hình thức công ty vừa là cơ sở. Em mới đóng tiền  thuế cho cơ sở xong, còn đóng thuế cho công ty thì em không biết khi nào phải đóng bây giờ sắp hết tháng 9/2013 rồi em thấy chị kia đã khai báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn Q2/2013 và tờ khai thuế TNDN tạm tính Q2/2013 và tờ khai thuế GTGT 6/2013 rồi. Vậy cho em hỏi khi nào em phải đóng thuế cho công ty ? Em đóng theo hình thức nào và nếu khai báo thuế qua mạng thì em cần phải khai báo những gì ah ?