Về vấn đề này bạn có thể xem tại công văn 1708/TCT-CS 2017 hướng dẫn chính sách thuế cho Đơn vị sự nghiệp công lập (Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình giao thông tỉnh Quảng Nam).
Theo đó:
1. Về thuế GTGT:
Tại khoản 2 Điều 13 Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng: “2. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng như sau:
a) Đối tượng áp dụng:
...
- Tổ chức kinh tế khác không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã, trừ trường hợp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
b) Tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu được quy định theo từng hoạt động như sau:
- Phân phối, cung cấp hàng hóa: 1%;
- Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;
- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%;
- Hoạt động kinh doanh khác: 2%.”
Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp Trung tâm giáo dục thường xuyên là đơn vị sự nghiệp công lập thuộc đối tượng kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng (trừ trường hợp Trung tâm đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ), khi phát sinh doanh thu từ kinh doanh nhà nghỉ thì trung tâm phải kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định. Thuế suất là 5%
2. Về thuế TNDN:
“5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:
+ Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%.
Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật: 2%.
+ Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%.
+ Đối với hoạt động khác: 2%.”
Căn cứ hướng dẫn nêu trên, về nguyên tắc trường hợp Trung tâm giáo dục là đơn vị sự nghiệp có hoạt cung cấp dịch vụ nhà nghỉ, có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà đơn vị xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ theo quy định nêu trên. Cụ thể là 5%.
