Theo đó, Tổng cục Thuế hướng dẫn chi tiết công tác thực hiện thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT như sau:
(1) Nguyên tắc thực hiện thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT
- Cục trưởng Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
Chịu trách nhiệm toàn diện đối với công tác hoàn thuế GTGT thuộc phạm vi quản lý nhà nước được giao theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Quán triệt đến toàn thể cán bộ, công chức về kỷ cương, kỷ luật của ngành; quyền hạn, nghĩa vụ và trách nhiệm của cán bộ, công chức được giao nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT.
Căn cứ đặc thù công tác quản lý thuế của từng địa bàn, Cục trưởng các Cục Thuế có biện pháp tăng cường quản lý, giám sát với cán bộ, công chức được giao nhiệm vụ liên quan đến tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT.
- Áp dụng đầy đủ nguyên tắc quản lý rủi ro quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, các văn bản hướng dẫn thi hành và các quy trình nghiệp vụ và các bộ tiêu chí, chỉ số rủi ro có liên quan. Việc đánh giá, phân tích rủi ro về thuế và hóa đơn phải căn cứ vào từng hồ sơ cụ thể và thực tiễn công tác quản lý thuế trên địa bàn để triển khai thực hiện.
- Công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện quyết liệt nhằm kiểm soát chặt chẽ việc hoàn thuế GTGT đảm bảo đúng chính sách, quy định của pháp luật.
Cục Thuế phân công nhiệm vụ, giao nhiệm vụ kiểm tra sau hoàn thuế một cách cụ thể, rõ ràng đến từng bộ phận. Yêu cầu từng cán bộ, công chức nắm chắc địa bàn, lĩnh vực được phân công, trường hợp phát hiện bất thường trong khi thực thi công vụ cần khẩn trương báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định.
(2) Về công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT
- Đẩy mạnh rà soát tổng hợp thông tin hệ thống, ứng dụng công nghệ thông tin để kết nối thông tin cơ sở dữ liệu đánh giá rủi ro về quản lý thuế, quản lý hóa đơn... kịp thời thực hiện thanh tra, kiểm tra, giám sát việc hoàn thuế theo quy định của pháp luật. Cục Thuế tổ chức thực hiện thanh tra, kiểm tra hoàn thuế theo quy định tại Điều 77, Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019.
- Đối với các hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế, Cục Thuế tổ chức thực hiện phân công, triển khai việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế ngay khi tiếp nhận hồ sơ.
Trong quá trình kiểm tra, nếu phát sinh lý do bất khả kháng, không thể tiếp tục thực hiện kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để tạm dừng kiểm tra.
Lý do bất khả kháng được thực hiện theo quy định tại khoản 27 Điều 3 Luật Quản lý thuế 2019 và khoản 1 Điều 3 Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Lãnh đạo Cục Thuế, Lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế chịu trách nhiệm tổ chức giám sát từng đoàn kiểm tra đảm bảo thủ tục, trình tự theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế 2019, quy trình kiểm tra thuế.
- Quá thời gian giải quyết hoàn thuế mà chưa có kết quả trả lời từ phía cơ quan chức năng, Cục Thuế có văn bản đôn đốc, đề nghị cơ quan chức năng có ý kiến về lý do của việc chưa cung cấp được thông tin.
Thực hiện kết thúc thanh tra, kiểm tra đúng thời hạn và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 34 Thông tư 80/2021/TT-BTC.
- Trường hợp doanh nghiệp thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT đã được phê duyệt có hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn, Cục Thuế ưu tiên thực hiện công tác kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế, bố trí sắp xếp nguồn lực triển khai kế hoạch phù hợp với quy định về thanh tra, kiểm tra thuế, quy định về giải quyết hoàn thuế tại Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành.
(3) Về công tác xác minh hoàn thuế GTGT
- Công tác xác minh phải căn cứ trên các dấu hiệu rủi ro cụ thể về thuế theo đúng chức năng, nhiệm vụ của cơ quan thuế. Đề xuất xác minh phải có phân tích, đánh giá cụ thể dựa trên các dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế và hóa đơn do cơ quan thuế thu thập hoặc tiếp nhận từ bên thứ ba.
Phạm vi đề xuất xác minh cần căn cứ các quy định pháp luật về thuế, quản lý thuế và các quy định pháp luật khác có liên quan đến giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ để đánh giá đúng trách nhiệm của người nộp thuế trong việc quản lý và sử dụng hóa đơn cũng như kê khai, xác định các nghĩa vụ thuế có liên quan.
- Việc kiểm tra, xác minh phải được thực hiện theo đúng quy định để đảm bảo thời gian giải quyết đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế. Trường hợp việc xác minh, kiểm tra cho thấy dấu hiệu vi phạm của các đối tượng mua bán hàng hóa ở các khâu trước đó, Cục Thuế thực hiện xử lý theo đúng quy định pháp luật đối với người nộp thuế vi phạm.
- Cần chú trọng sử dụng hệ thống hóa đơn điện tử để rút ngắn thời gian và nhanh chóng xác định đúng đối tượng cần xác minh.
