Hỏi về thời điểm xuất hóa đơn dịch vụ

Chào luật sư,
Em có 1 câu hỏi, rất mong được sự tư vấn của luật sư.
Tại thông tư 153/2010/TT -BTC ngày 28/09/2011 tại " Điều 14. Lập hoá đơn" có ghi như sau:
" Ngày lập hóa đơn đối với cung ứng dịch vụ là ngày hoàn thành việc cung ứng dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền. Trường hợp tổ chức cung ứng dịch vụ thực hiện thu tiền trước hoặc trong khi cung ứng dịch vụ thì ngày lập hóa đơn là ngày thu tiền"
Công ty em có ký 1 hợp đồng với Công ty A, nội dung hợp đồng là Phát triển hệ thống website cho Công ty A, điều khoản thanh toán như sau:
- Đợt 1: Thanh toán 30% giá trị hợp đồng trong vòng 03 ngày kể từ ngày ký hợp đồng;
- Đợt 2: Thanh toán 60% giá trị hợp đồng khi hệ thống chạy thử nghiệm;
- Đợt 3: Thanh toán 10% giá trị hợp đồng còn lại khi tiến hành nghiệm thu website.
Vậy khi khách hàng thanh toán theo từng đợt (đợt 1 và đợt 2), em có phải xuất hóa đơn ngay tại thời điểm khách hàng thanh toán hay không? Nếu em để khi tiến hành nghiệm thu xong hợp đồng mới tiến hành xuất duy nhất 1 tờ hóa đơn cho cả 3 đợt thanh toán nêu trên thì có vi phạm quy định về thuế hay không? Em rất băn khoăn không biết hướng dẫn của thuế trong thông tư 153 về ngày lập hóa đơn nêu trên hiểu như thế nào cho đúng?
Em rất mong được sự tư vấn của luật sư.

bên mình có làm web dattiectrongoi.vn bên w4smedia cũng phải xong hết nghiệm thu xong 7 ngày mới xuất hóa đơn nhưng mà VAT thì 0%

Công ty tôi là công ty mua bán thuốc tây online trên website và là do 1 cá nhân nhận thiết kế website. Không có hóa đơn GTGT. Vậy bây giờ nên xử lý như thế nào