Căn cứ Nghị định 03/2016/NĐ-CP hướng dẫn Luật Dân quân tự vệ quy định:
“Điều 16. Phụ cấp trách nhiệm quản lý, chỉ huy đơn vị
Mức phụ cấp trách nhiệm quản lý, chỉ huy đơn vị dân quân tự vệ được tính và chi trả theo tháng, bằng mức lương cơ sở nhân với hệ số quy định cụ thể như sau:
…6. Tiểu đoàn trưởng, Chính trị viên tiểu đoàn; Hải đoàn trưởng, Chính trị viên hải đoàn; Chỉ huy phó, chính trị viên phó Ban chỉ huy quân sự cấp xã; Chỉ huy phó, Chính trị viên phó Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở: 0,22.
…Điều 17. Chế độ phụ cấp, bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, tiền ăn, công tác phí, trợ cấp của Chỉ huy phó Ban chỉ huy quân sự cấp xã; phụ cấp của Thôn đội trưởng; hỗ trợ phương tiện, chi phí đi lại cho dân quân tự vệ
1. Chỉ huy phó Ban chỉ huy quân sự cấp xã được hưởng:
a) Chế độ phụ cấp hằng tháng được tính và chi trả theo tháng, bằng mức lương cơ sở nhân với hệ số 1,0;
b) Được đóng và hưởng chế độ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế trong thời gian giữ chức vụ theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế;
c) Tiền ăn trong thời gian đào tạo, tập huấn, huấn luyện bằng mức tiền ăn cơ bản của chiến sĩ bộ binh trong Quân đội nhân dân Việt Nam;
d) Chế độ công tác phí được áp dụng như công chức cấp xã;
đ) Trường hợp có thời gian công tác liên tục từ đủ 60 tháng trở lên nếu nghỉ việc được hưởng trợ cấp một lần, cứ 01 năm công tác được tính bằng 1,5 tháng mức phụ cấp bình quân của 60 tháng cuối cùng trừ trường hợp tự ý bỏ việc, kỷ luật buộc thôi việc, bị tước quyền công dân.
…Điều 18. Chế độ phụ cấp thâm niên
1. Cán bộ Ban chỉ huy quân sự cấp xã có thời gian công tác liên tục từ đủ 60 tháng trở lên được hưởng phụ cấp thâm niên. Mức phụ cấp như sau: Sau 5 năm (đủ 60 tháng) công tác liên tục thì được hưởng phụ cấp thâm niên bằng 5% mức lương hiện hưởng và phụ cấp chức vụ lãnh đạo, phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có) hoặc phụ cấp hằng tháng hiện hưởng; từ năm thứ 6 trở đi mỗi năm (đủ 12 tháng) được tính thêm 1%.
2. Cán bộ Ban chỉ huy quân sự cấp xã nếu có thời gian công tác liên tục ở các ngành được tính hưởng phụ cấp thâm niên nghề nghiệp thì được cộng nối thời gian đó với thời gian làm cán bộ Ban chỉ huy quân sự cấp xã để tính hưởng phụ cấp thâm niên.
Điều 19. Chế độ phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự
1. Chỉ huy phó Ban chỉ huy quân sự cấp xã, Trung đội trưởng dân quân cơ động được hưởng chế độ phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự.
2. Mức phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự bằng 50% tổng phụ cấp hiện hưởng gồm: Phụ cấp hằng tháng, phụ cấp trách nhiệm quản lý, chỉ huy đơn vị, phụ cấp thâm niên.
3. Thời gian được hưởng phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự tính từ ngày có quyết định bổ nhiệm và thực hiện cho đến khi có quyết định thôi giữ chức vụ đó; trường hợp giữ chức vụ từ 15 ngày trở lên trong tháng thì được hưởng phụ cấp cả tháng, giữ chức vụ dưới 15 ngày trong tháng thì được hưởng 50% phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự của tháng đó.”
Căn cứ theo các quy định trên, Chỉ huy phó Ban chỉ huy quân sự cấp xã sẽ được hưởng Phụ cấp trách nhiệm, Phụ cấp hằng tháng, Phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự. Còn nếu Có thời gian công tác từ 05 năm trở lên thì được hưởng thêm phụ cấp thâm niên theo đúng quy định.