Pháp luật có một số quy định về việc hoàn thuế GTGT phát sinh cho giai đoạn trước khi sản phẩm thuộc diện không chịu thuế GTGT:
- Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT (giá trị gia tăng) và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế GTGT quy định:
“Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau ít nhất bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế”.
- Khoản 9 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 26/2/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung khoản 14a vào Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT quy định:
“…14a. Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ, thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và thức ăn cho vật nuôi khác tiêu thụ trong nước không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào thể hiện trên hóa đơn GTGT, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu phát sinh trước ngày 01 tháng 01 năm 2015 đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế và thuộc diện hoàn thuế theo quy định tại Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 và Thông tư này.”
- Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính quy định:
“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định của pháp luật”
Chẳng hạn như trong trường hợp công ty kinh doanh mặt hàng là thức ăn chăn nuôi thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT kể từ ngày 01/01/2015, đối với số thuế GTGT đầu vào của mặt hàng thức ăn chăn nuôi phát sinh từ ngày 31/12/2014 trở về trước chưa được khấu trừ hết, tính đến ngày 01/01/2015 số thuế còn được khấu trừ này chưa đủ 12 tháng thì không thuộc trường hợp được hoàn thuế; số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh mặt hàng thức ăn chăn nuôi phát sinh kể từ ngày 01/01/2015 sẽ không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được khấu trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.
