Về vấn đề phát sinh theo câu hỏi của bạn thì hiện có 2 trường hợp xảy ra:
- Thứ nhất, nếu dự án của bạn không thuộc trường hợp Nhà nước thu hồi đất thì việc lấy đất để thực hiện dự án sẽ thông qua nhận chuyển nhượng, thuê quyền sử dụng đất, nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất của chủ đầu tư (quy định tại Điều 73 Luật Đất đai 2013). Nếu nhận chuyển nhượng thì về bản chất số tiền đó là đang dùng để mua quyền sử dụng đất. Lúc này, chủ thể mua là chủ đầu tư, bên đơn vị thi công về bản chất chỉ thực hiện thi công theo hợp đồng mà thôi. Nếu có chi trả thì cũng chỉ là nhận ủy quyền của chủ đầu tư để chi trả tiền chuyển nhượng.
- Thứ hai, nếu dự án thuộc trường hợp Nhà nước thu hồi đất thì nghĩa vụ chi trả tiền bồi thường sẽ do nhà nước thực hiện do nhà nước là chủ thể tiến hành thu hồi. Tuy nhiên, tại Điều 13 Văn bản hợp nhất 05/VBHN-BTC năm 2018 hợp nhất Nghị định về quy định thu tiền thuê đất, thuê mặt nước do Bộ Tài chính ban hành có nêu:
"Điều 13. Xử lý tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng
...
2.[16] Đối với trường hợp thuộc đối tượng thuê đất không thông qua hình thức đấu giá và người được Nhà nước cho thuê đất tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì được trừ số tiền đã ứng trước vào tiền thuê đất phải nộp theo phương án được duyệt; mức trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp. Đối với số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng còn lại chưa được trừ vào tiền thuê đất phải nộp (nếu có) thì được tính vào vốn đầu tư của dự án.
Hồ sơ đề nghị khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng gồm:
- Phương án bồi thường, giải phóng mặt bằng được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt: 01 bản sao;
- Chứng từ và bảng kê thanh toán tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng: 01 bản chính.
...
4.[18] Trường hợp dự án đầu tư được Nhà nước giao đất không thông qua hình thức đấu giá mà có hình thức sử dụng đất hỗn hợp: Giao đất có thu tiền sử dụng đất, giao đất không thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất và nhà đầu tư tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì việc khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng được tính theo từng loại diện tích và được phân bổ đều tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng của phần diện tích đất sử dụng vào mục đích công cộng vào các phần diện tích đất tương ứng."
Căn cứ quy định trên thì việc chi trả tiền bồi thường trong trường hợp này về bản chất là do nhà đầu tư tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt. Lúc này chủ thể chi trả (ứng trước) sẽ là chủ đầu tư. Đơn vị thi công nếu chi tiền cũng chỉ là nhận ủy quyền từ chủ đầu tư và chi hộ cho chủ đầu tư mà thôi chứ không phải chủ thể đứng ra chịu trách nhiệm ứng tiền bồi thường.