Căn cứ điểm c khoản 3 Điều 13 Thông tư 80/2021/TT-BTC quy định:
"Điều 13. Khai thuế, tính thuế, phân bổ và nộp thuế giá trị gia tăng
...
3. Khai thuế, nộp thuế:
...
c) Đối với hoạt động xây dựng:
c.1) Người nộp thuế là nhà thầu xây dựng, ký hợp đồng trực tiếp với chủ đầu tư để thi công công trình xây dựng tại tỉnh khác với nơi có trụ sở chính của người nộp thuế, bao gồm cả công trình, hạng mục công trình xây dựng liên quan tới nhiều tỉnh thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng của các công trình, hạng mục công trình đó với cơ quan thuế nơi có công trình xây dựng theo mẫu số 05/GTGT ban hành kèm theo phụ lục II Thông tư này; nộp tiền thuế đã kê khai vào ngân sách nhà nước tại tỉnh nơi có công trình xây dựng. Trường hợp Kho bạc Nhà nước đã thực hiện khấu trừ theo quy định tại khoản 5 Điều này thì người nộp thuế không phải nộp tiền vào ngân sách nhà nước tương ứng với số tiền thuế Kho bạc Nhà nước đã khấu trừ.
c.2) Người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động xây dựng vào hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính để xác định số thuế phải nộp cho toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính. Số thuế giá trị gia tăng đã nộp tại tỉnh nơi có công trình xây dựng được bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại trụ sở chính.
..."
Từ quy định trên, trường hợp đã nộp thuế tại tỉnh nơi có công trình xây dựng thì bên phát sinh hoạt động xây dựng (nhà thầu xây dựng) vẫn phải tổng hợp doanh thu chưa tính tính thuế GTGT đối với hoạt động xây dựng và kê khai vào hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính để xác định số thuế phải nộp cho toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính. Số thuế GTGT đã nộp tại tỉnh nơi có công trình xây dựng sẽ được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính.
