Căn cứ Khoản 1 Mục III Thông tư 04/2005/TT-BNV quy định:
"1. Mức phụ cấp:
1.1. Cán bộ , công chức, viên chức có đủ điều kiện thời gian và tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung quy định tại điểm 1 và điểm 2 Mục II Thông tư này được hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung như sau:
a) Cán bộ, công chức, viên chức quy định tại tiết a điểm 1.1 Mục I Thông tư này, sau 3 năm (đủ 36 tháng) đã xếp bậc lương cuối cùng trong ngạch hoặc trong chức danh, được hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung bằng 5% mức lương của bậc lương cuối cùng trong ngạch hoặc trong chức danh đó; từ năm thứ tư trở đi, mỗi năm có đủ hai tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung được tính hưởng thêm 1%.
b) Cán bộ, công chức, viên chức quy định tại tiết b điểm 1.1 Mục II Thông tư này, sau 2 năm (đủ 24 tháng) đã xếp bậc lương cuối cùng trong ngạch được hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung bằng 5% mức hưởng của bậc lương cuối cùng trong ngạch đó; từ năm thứ ba trở đi, mỗi năm có đủ hai tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung được tính hưởng thêm 1 % .
..."
Theo đó, phụ cấp thâm niên của cán bộ, công chức, viên chức sẽ được tính theo công thức:
"Hệ số thâm niên vượt khung = Hệ số lương chính x Mức lương cơ sở x Mức % phụ cấp thâm niên"
Riêng phụ cấp thâm niên của Nhà giáo sẽ tính theo công thức tại Khoản 3 Điều 2 Thông tư 68/2011/TTLT-BGDĐT-BNV-BTC-BLĐTBXH, cụ thể:
"Mức tiền phụ cấp thâm niên = Hệ số lương theo ngạch, bậc cộng hệ số phụ cấp chức vụ lãnh đạo, phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có) hiện hưởng x Mức lương tối thiểu chung do Chính phủ quy định từng thời kỳ (hay còn gọi là mức lương cơ sở) x Mức % phụ cấp thâm niên được hưởng"
