Theo điểm d khoản 8 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC:
Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT
...
8. Các dịch vụ tài chính, ngân hàng, kinh doanh chứng khoán sau đây:
...
d) Chuyển nhượng vốn bao gồm việc chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ số vốn đã đầu tư vào tổ chức kinh tế khác (không phân biệt có thành lập hay không thành lập pháp nhân mới), chuyển nhượng chứng khoán, chuyển nhượng quyền góp vốn và các hình thức chuyển nhượng vốn khác theo quy định của pháp luật, kể cả trường hợp bán doanh nghiệp cho doanh nghiệp khác để sản xuất kinh doanh và doanh nghiệp mua kế thừa toàn bộ quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp bán theo quy định của pháp luật.
=> Như vậy hoạt động chuyển nhượng vốn không chịu thuế GTGT.
Tuy nhiên, khi chuyển nhượng, bên chuyển nhượng vốn vẫn phải xuất hóa đơn cho bên nhận chuyển nhượng theo Điểm a Khoản 7 Điều 3 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Người bán phải lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ, bao gồm cả các trường hợp hàng hoá, dịch vụ dùng để khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu; hàng hoá, dịch vụ dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động (trừ hàng hoá luân chuyển nội bộ, tiêu dùng nội bộ để tiếp tục quá trình sản xuất)
Và theo theo hướng dẫn tại điểm 2.1, khoản 2 Phụ lục 4 Thông tư 39/2014/TT-BTC quy định:
"2.1. Tổ chức nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế bán hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, đối tượng được miễn thuế GTGT thì sử dụng hóa đơn GTGT, trên hóa đơn GTGT chỉ ghi dòng giá bán là giá thanh toán, dòng thuế suất, số thuế GTGT không ghi và gạch bỏ.
