Về vấn đề thanh toán hóa đơn thì chị lưu ý: ở thời điểm hiện tại, việc thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (thường bằng hình thức chuyển khoản qua ngân hàng) với hóa đơn trên 20 triệu không chỉ nhằm mục đích kê khai thuế GTGT mà còn để xác định chi phí hợp lý.
Theo đó, nếu như công ty chị không thanh toán qua ngân hàng với các hóa đơn từ 20 triệu trở lên thì sẽ không được tính vào chi phí hợp lý các hóa đơn này (khác với trước đây là chỉ không được tính thuế đầu vào).
Theo Điều 4 của Thông tư 96/2015/TT-BTC Sửa đổi, bổ sung Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC có quy định:
"Điều 6. Các khoản chi được trừ và keông được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế
1. Trừ các khoản chi không được trừ nêu tại Khoản 2 Điều này, doanh nghiệp được trừ mọi khoản chi nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:
a) Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
b) Khoản chi có đủ hoá đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.
c) Khoản chi nếu có hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT) khi thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế giá trị gia tăng.
Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên ghi trên hóa đơn mà đến thời điểm ghi nhận chi phí, doanh nghiệp chưa thanh toán thì doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Trường hợp khi thanh toán doanh nghiệp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh giảm chi phí đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán bằng tiền mặt (kể cả trong trường hợp cơ quan thuế và các cơ quan chức năng đã có quyết định thanh tra, kiểm tra kỳ tính thuế có phát sinh khoản chi phí này).
Đối với các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ đã thanh toán bằng tiền mặt phát sinh trước thời điểm Thông tư số 78/2014/TT-BTC có hiệu lực thi hành thì không phải điều chỉnh lại theo quy định tại Điểm này
..."
