Thế thu nhập cá nhân là loại thuế trực thu, được tính trực tiếp trên thu nhập của người chịu thuế và thu nhập đó đã trừ các khoản giảm trừ cũng như các khoản miễn thuế.
Căn cứ Điều 16 Thông tư 92/2015/TT-BTC, cách tính thuế khi chuyển nhượng cổ phần trong công ty cổ phần được xác định như sau:
Cách tính: Thuế thu nhập cá nhân phải nộp = Giá chuyển nhượng chứng khoán từng lần x Thuế suất 0,1%
Trong đó, giá chuyển nhượng chứng khoán: Chứng khoán từ công ty đại chúng thực hiện giao dịch tại Sở giao dịch chứng khoán (giá thực hiện chính là giá của chứng khoán xác định khi kết quả khớp lệnh, giá được hình thành trong các giao dịch thỏa thuận ở Sở Giao dịch chứng khoán.
Ngoài ra, nếu không thuộc trường hợp ghi nhận ở trên thì giá chuyển nhượng sẽ căn cứ từ ghi nhận của hợp đồng chuyển nhượng, hoặc có thể là giá chuyển nhượng thực tế, giá ghi nhận trong sổ kế toán từ đơn vị thực hiện chuyển nhượng. Thời điểm này tính tại lúc lập báo cáo tài chính ngay trước thời điểm chuyển nhượng.
Đối với trường hợp tính thuế thu nhập cá nhân chuyển nhượng cổ phần, theo quy định tại Điều 11 của Thông tư 111/2013/TT-BTC, thì thuế thu nhập cá nhân trong trường hợp này sẽ được tính theo công thức: TNCN = Thu nhập tính thuế x 20% 