Căn cứ Khoản 2 Điều 2 Thông tư 111/2013/TT-BTC quy định như sau:
"Điều 2. Các khoản thu nhập chịu thuế
Theo quy định tại Điều 3 Luật Thuế thu nhập cá nhân và Điều 3 Nghị định số 65/2013/NĐ-CP, các khoản thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân bao gồm:
2. Thu nhập từ tiền lương, tiền công
Thu nhập từ tiền lương, tiền công là thu nhập người lao động nhận được từ người sử dụng lao động, bao gồm:
a) Tiền lương, tiền công và các khoản có tính chất tiền lương, tiền công dưới các hình thức bằng tiền hoặc không bằng tiền.
b) Các khoản phụ cấp, trợ cấp, trừ các khoản phụ cấp, trợ cấp sau:
b.1) Trợ cấp, phụ cấp ưu đãi hàng tháng và trợ cấp một lần theo quy định của pháp luật về ưu đãi người có công.
b.2) Trợ cấp hàng tháng, trợ cấp một lần đối với các đối tượng tham gia kháng chiến, bảo vệ tổ quốc, làm nhiệm vụ quốc tế, thanh niên xung phong đã hoàn thành nhiệm vụ.
b.3) Phụ cấp quốc phòng, an ninh; các khoản trợ cấp đối với lực lượng vũ trang.
b.4) Phụ cấp độc hại, nguy hiểm đối với những ngành, nghề hoặc công việc ở nơi làm việc có yếu tố độc hại, nguy hiểm.
b.5) Phụ cấp thu hút, phụ cấp khu vực.
b.6) Trợ cấp khó khăn đột xuất, trợ cấp tai nạn lao động, bệnh nghề nghiệp, trợ cấp một lần khi sinh con hoặc nhận nuôi con nuôi, mức hưởng chế độ thai sản, mức hưởng dưỡng sức, phục hồi sức khoẻ sau thai sản, trợ cấp do suy giảm khả năng lao động, trợ cấp hưu trí một lần, tiền tuất hàng tháng, trợ cấp thôi việc, trợ cấp mất việc làm, trợ cấp thất nghiệp và các khoản trợ cấp khác theo quy định của Bộ luật Lao động và Luật Bảo hiểm xã hội.
b.7) Trợ cấp đối với các đối tượng được bảo trợ xã hội theo quy định của pháp luật.
b.8) Phụ cấp phục vụ đối với lãnh đạo cấp cao.
b.9) Trợ cấp một lần đối với cá nhân khi chuyển công tác đến vùng có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn, hỗ trợ một lần đối với cán bộ công chức làm công tác về chủ quyền biển đảo theo quy định của pháp luật. Trợ cấp chuyển vùng một lần đối với người nước ngoài đến cư trú tại Việt Nam, người Việt Nam đi làm việc ở nước ngoài, người Việt Nam cư trú dài hạn ở nước ngoài về Việt Nam làm việc.”
b.10) Phụ cấp đối với nhân viên y tế thôn, bản.
b.11) Phụ cấp đặc thù ngành nghề.
Các khoản phụ cấp, trợ cấp và mức phụ cấp, trợ cấp không tính vào thu nhập chịu thuế hướng dẫn tại điểm b, khoản 2, Điều này phải được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định.
Trường hợp các văn bản hướng dẫn về các khoản phụ cấp, trợ cấp, mức phụ cấp, trợ cấp áp dụng đối với khu vực Nhà nước thì các thành phần kinh tế khác, các cơ sở kinh doanh khác được căn cứ vào danh mục và mức phụ cấp, trợ cấp hướng dẫn đối với khu vực Nhà nước để tính trừ.
Trường hợp khoản phụ cấp, trợ cấp nhận được cao hơn mức phụ cấp, trợ cấp theo hướng dẫn nêu trên thì phần vượt phải tính vào thu nhập chịu thuế.
Riêng trợ cấp chuyển vùng một lần đối với người nước ngoài đến cư trú tại Việt Nam, người Việt Nam đi làm việc ở nước ngoài được trừ theo mức ghi tại Hợp đồng lao động hoặc thỏa ước lao động tập thể.
..."
Theo đó, phụ cấp chức vụ sẽ không chịu thuế TNCN, các khoản phụ cấp, trợ cấp và mức phụ cấp, trợ cấp không tính vào thu nhập chịu thuế hướng dẫn tại điểm b, khoản 2, Điều này phải được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định, nếu không có quy định đồng nghĩa phụ cấp này phải chịu thuế TNCN.
