Căn cứ theo Điều 41 Nghị định 112/2020/NĐ-CP quy định về chế độ, chính sách đối với trường hợp đang trong thời gian bị tạm giữ, tạm giam, tạm đình chỉ công tác hoặc tạm đình chỉ chức vụ như sau:
"Cán bộ, công chức, viên chức đang trong thời gian bị tạm giữ, tạm giam, tạm đình chỉ công tác hoặc tạm đình chỉ chức vụ mà chưa bị xử lý kỷ luật thì áp dụng theo chế độ quy định như sau:
1. Trong thời gian tạm giữ, tạm giam hoặc được cho tại ngoại nhưng áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú mà không thể tiếp tục đi làm để phục vụ cho công tác điều tra, truy tố, xét xử hoặc tạm đình chỉ công tác mà chưa bị xem xét xử lý kỷ luật thì được hưởng 50% của mức lương hiện hưởng, cộng với phụ cấp chức vụ lãnh đạo, phụ cấp thâm niên vượt khung, phụ cấp thâm niên nghề và hệ số chênh lệch bảo lưu lương (nếu có).
Trường hợp cán bộ, công chức, viên chức giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý bị tạm đình chỉ chức vụ thì không được hưởng phụ cấp chức vụ lãnh đạo, quản lý.
2. Trường hợp cán bộ, công chức, viên chức không bị xử lý kỷ luật hoặc được kết luận là oan, sai thì được truy lĩnh 50% còn lại quy định tại khoản 1 Điều này.
3. Trường hợp cán bộ, công chức, viên chức bị xử lý kỷ luật hoặc bị Tòa án tuyên là có tội thì không được truy lĩnh 50% còn lại quy định tại khoản 1 Điều này."
Như vậy, theo quy định trên thì viên chức đang bị tạm giam vẫn sẽ được hưởng phụ cấp thâm niên. Tuy nhiên, sẽ chỉ được nhận 50% so với bình thường. Nếu viên chức không bị xử lý thì sẽ được lĩnh 50% còn lại, Trong trường hợp, bị xử lý theo luật thì sẽ không được hoàn lại 50% số tiền phụ cấp trên.
