Theo quy định tại Điều 19 Nghị định 05/2015/NĐ-CP có nêu:
"Điều 19. Trách nhiệm tiếp nhận thỏa ước lao động tập thể của cơ quan quản lý nhà nước về lao động
Trách nhiệm của cơ quan quản lý nhà nước về lao động khi tiếp nhận thỏa ước lao động tập thể được quy định như sau:
1. Lập sổ quản lý thỏa ước lao động tập thể theo mẫu do Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội quy định.
2. Trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày nhận được thỏa ước lao động tập thể, nếu phát hiện thỏa ước lao động tập thể có nội dung trái pháp luật hoặc ký kết không đúng thẩm quyền thì cơ quan quản lý nhà nước có văn bản yêu cầu Tòa án nhân dân tuyên bố thỏa ước lao động tập thể vô hiệu, đồng thời gửi cho hai bên ký kết thỏa ước lao động tập thể biết.
Trường hợp thỏa ước lao động tập thể chưa có hiệu lực thì cơ quan quản lý nhà nước có văn bản yêu cầu hai bên tiến hành thương lượng sửa đổi, bổ sung thỏa ước lao động tập thể và gửi đến cơ quan quản lý nhà nước theo quy định."
Và theo Khoản 1 Điều 12 Nghị định 95/2013/NĐ-CP có nêu:
"1. Phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với người sử dụng lao động có một trong các hành vi sau đây:
a) Không gửi thỏa ước lao động tập thể đến cơ quan quản lý nhà nước về lao động cấp tỉnh;"
Theo đó, Doanh nghiệp nếu không muốn bị phạt thì phải gửi thỏa ước lao động tập thể đến cơ quan quản lý nhà nước, không có quy định là bắt buộc phải có nội dung khác với bộ luật lao động thì mới được gửi. Trách nhiệm của cơ quan quản lý là tiếp nhận và quản lý thỏa ước đó.
Trường hợp này chị nên trao đổi lại với cơ quan về việc họ không tiếp nhận thỏa ước này (ít nhất là phải có một văn bản trả lời để xác định rằng DN không nộp là do Sở hướng dẫn).