Theo hướng dẫn tại Thông tư 123/2012/TT-BTC hướng dẫn thì những khoản chi trả tiền lương, phụ cấp không thuộc những trường hợp sau thì sẽ được tính là chi phí hợp lý
Điều 6. Các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế
...
2. Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế bao gồm:
...
2.5. Chi tiền lương, tiền công, tiền thưởng cho người lao động thuộc một trong các trường hợp sau:
a) Chi tiền lương, tiền công và các khoản phải trả khác cho người lao động doanh nghiệp đã hạch toán vào chi phí sản xuất kinh doanh trong kỳ nhưng thực tế không chi trả hoặc không có chứng từ thanh toán theo quy định của pháp luật.
b) Các khoản tiền thưởng, tiền mua bảo hiểm nhân thọ cho người lao động không được ghi cụ thể điều kiện được hưởng và mức được hưởng tại một trong các hồ sơ sau: Hợp đồng lao động; Thoả ước lao động tập thể; Quy chế tài chính của Công ty, Tổng công ty, Tập đoàn; Quy chế thưởng do Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng giám đốc, Giám đốc quy định theo quy chế tài chính của Công ty, Tổng công ty.
- Trường hợp hợp đồng lao động của doanh nghiệp ký với lao động là người nước ngoài có ghi khoản chi về tiền học cho con của người nước ngoài học tại Việt Nam theo bậc học phổ thông được doanh nghiệp trả có tính chất tiền lương, tiền công, khoản chi này không trái với các quy định của pháp luật về tiền lương, tiền công và có đầy đủ hoá đơn, chứng từ theo quy định thì được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Trường hợp hợp đồng lao động của doanh nghiệp ký với người lao động có ghi khoản chi về tiền nhà do doanh nghiệp trả cho người lao động, khoản chi trả này có tính chất tiền lương, tiền công, không trái với các quy định của pháp luật về tiền lương, tiền công và có đầy đủ hoá đơn, chứng từ theo quy định thì được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.
c) Chi tiền lương, tiền công và các khoản phụ cấp phải trả cho người lao động nhưng hết thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế năm thực tế chưa chi trừ trường hợp doanh nghiệp cótrích lập quỹ dự phòng để bổ sung vào quỹ tiền lương của năm sau liền kề nhằm bảo đảm việc trả lương không bị gián đoạn và không được sử dụng vào mục đích khác. Mức dự phòng hàng năm do doanh nghiệp quyết định nhưng không quá 17% quỹ tiền lương thực hiện.
Quỹ tiền lương thực hiện là tổng số tiền lương thực tế đã chi trả của năm quyết toán đó đến thời hạn cuối cùng nộp hồ sơ quyết toán theo quy định (không bao gồm số tiền trích lập quỹ dự phòng tiền lương của năm trước chi trong năm quyết toán thuế).
Việc trích lập dự phòng tiền lương phải đảm bảo sau khi trích lập, doanh nghiệp không bị lỗ, nếu doanh nghiệp bị lỗ thì không được trích đủ 17%.
Trường hợp năm trước doanh nghiệp có trích lập quỹ dự phòng tiền lương nhưng đến ngày 31/12 của năm sau doanh nghiệp chưa sử dụng hoặc sử dụng không hết quỹ dự phòng tiền lương thì doanh nghiệp phải ghi giảm chi phí của năm sau.
Ví dụ 7: Khi nộp hồ sơ quyết toán thuế năm 2011 DN A có trích quỹ dự phòng tiền lương là 10 tỷ đồng, đến ngày 31/12/2012, DN A mới chi số tiền từ quỹ dự phòng tiền lương năm 2011 là 7 tỷ đồng thì DN A phải ghi giảm chi phí tiền lương năm sau (năm 2012) là 3 tỷ đồng (10 tỷ – 7 tỷ). Khi lập hồ sơ quyết toán năm 2012 nếu DN A có nhu cầu trích lập thì tiếp tục trích lập quỹ dự phòng tiền lương theo quy định.
d) Tiền lương, tiền công của chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ công ty trách nhiệm hữu hạnmột thành viên (do một cá nhân làm chủ); thù lao trả cho các sáng lập viên, thành viên của hội đồng thành viên, hội đồng quản trị không trực tiếp tham gia điều hành sản xuất, kinh doanh.
