Theo hướng dẫn tại Công văn 2316/BXD-TTr năm 2014 hướng dẫn một số quy định Nghị định 121/2013/NĐ-CP và Thông tư 02/2014/TT-BXD do Bộ Xây dựng ban hành ngày 22/09/2014:
"3. Về việc áp dụng Khoản 9, Điều 13, Nghị định số 121/2013/NĐ-CP
Căn cứ quy định tại Khoản 9, Điều 13 của Nghị định số 121/2013/NĐ-CP: “Hành vi quy định tại Khoản 3, Khoản 5, Khoản 6 và Điểm b Khoản 7 Điều này mà không vi phạm chỉ giới xây dựng, không gây ảnh hưởng các công trình lân cận, không có tranh chấp, xây dựng trên đất thuộc quyền sử dụng hợp pháp thì ngoài việc bị xử phạt vi phạm hành chính, còn bị buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được bằng 40% giá trị phần xây dựng sai phép, không phép đối với công trình là nhà ở riêng lẻ và bằng 50% giá trị phần xây dựng sai phép, không phép, sai thiết kế được phê duyệt hoặc sai quy hoạch xây dựng hoặc thiết kế đô thị được duyệt đối với công trình thuộc dự án đầu tư xây dựng hoặc công trình chỉ yêu cầu lập báo cáo kinh tế - kỹ thuật xây dựng công trình. Sau khi chủ đầu tư hoàn thành việc nộp phạt thì cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng hoặc điều chỉnh giấy phép xây dựng.”
Như vậy, chủ đầu tư sau khi thực hiện đầy đủ việc nộp phạt hành chính và nộp số lợi bất hợp pháp theo quyết định của người có thẩm quyền xử phạt thì được làm thủ tục xin cấp hoặc điều chỉnh giấy phép xây dựng, cơ quan cấp phép xây dựng có trách nhiệm cấp hoặc điều chỉnh giấy phép xây dựng.
Dù vậy, chủ đầu tư sau khi thực hiện đầy đủ việc nộp phạt hành chính và nộp số lợi bất hợp pháp theo quyết định của người có thẩm quyền xử phạt thì được làm thủ tục xin cấp hoặc điều chỉnh giấy phép xây dựng, cơ quan cấp phép xây dựng có trách nhiệm cấp hoặc điều chỉnh giấy phép xây dựng chứ Nghị định không quy định là phải làm thủ tục xin điều chỉnh giấy phép xây dựng trong thời hạn bao lâu.
Công văn này cũng nêu thêm "để thuận lợi cho người dân cũng như cơ quan quản lý khi triển khai áp dụng quy định này, Dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Khoản 9, Điều 13 Nghị định số 121/2013/NĐ-CP quy định về việc cấp và điều chỉnh giấy phép theo hướng như sau: Sau khi chủ đầu tư hoàn thành việc nộp phạt hành chính và nộp lại số lợi bất hợp pháp, cơ quan có thẩm quyền xem xét, cho phép công trình được tồn tại và cấp giấy chứng nhận sở hữu theo quy định". Nhưng hiện tại thì chưa có Nghị định sửa đổi, bổ sung điều khoản trên của Nghị định 121/2013/NĐ-CP nên hiện chủ đầu tư vẫn phải làm thủ tục xin điều chỉnh giấy phép xây dựng để làm cơ sở xin cấp giấy chứng nhận QSDĐ, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất sau này theo quy định của Nghị định 43/2014/NĐ-CP và Thông tư 24/2014/TT-BTNMT.
