Căn cứ Điều 3 Thông tư liên tịch 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC thì Quỹ khoa học và công nghệ có thể tổ chức dưới một trong hai hình thức như sau:
- Thành lập tổ chức không có tư cách pháp nhân và trực thuộc doanh nghiệp.
- Không thành lập tổ chức Quỹ và do cán bộ của doanh nghiệp kiêm nhiệm thực hiện các hoạt động.
Doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong hai hình thức nếu trên tổ chức hoạt động quỹ khoa học và công nghệ.
Khi doanh nghiệp thành lập Quỹ, doanh nghiệp phải gửi Quyết định thành lập Quỹ cho Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính trong vòng 30 ngày kể từ ngày có quyết định thành lập Quỹ.
Bên cạnh đó, doanh nghiệp phải gửi Quy chế khoa học và công nghệ của doanh nghiệp, Quy chế chi tiêu, sử dụng Quỹ cho cơ quan thuế nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính cùng thời Điểm nộp báo cáo trích, sử dụng Quỹ trong kỳ trích lập đầu tiên. Quy chế khoa học và công nghệ của doanh nghiệp soạn theo Mẫu số 01 của Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư liên tịch 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC.
Quỹ sẽ được hình thành từ hai nguồn sau:
Một là, thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế, cụ thể:
- Đối với doanh nghiệp nhà nước thì tỷ lệ trích từ 3% đến 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ, tùy vào khả năng và nhu cầu sử dụng nguồn vốn cho hoạt động khoa học và công nghệ.
- Đối với các doanh nghiệp còn lại thì tự quyết định mức trích cụ thể nhưng tối đa không quá 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ.
Hai là, điều chuyển từ Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của tổng công ty, công ty mẹ xuống Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các công ty con hoặc doanh nghiệp thành viên; Điều chuyển từ Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các công ty con, doanh nghiệp thành viên về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của tổng công ty, công ty mẹ.
