Bạn xem hướng dẫn tại Thông tư 219/2013/TT-BTC có nói rõ trường hợp nào sẽ nộp thuế theo khấu trừ hay tụực tiếp.
Điều 12. Phương pháp khấu trừ thuế
1. Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từbao gồm:
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này;
b) Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này;
c) Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu, khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai khấu trừ nộp thay.
3. Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm:
a) Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ.
b) Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.
c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên ghi trên hóa đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả hóa đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị trước khi thành lập (không bao gồm ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống của cơ sở kinh doanh không hoạt động vận tải, du lịch, khách sạn); tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ.
d) Tổ chức kinh tế khác hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra không bao gồm doanh nghiệp, hợp tác xã.
Doanh nghiệp, hợp tác xã hướng dẫn tại điểm a khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 20 tháng 12 hàng năm.
Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm b, c khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp cùng với hồ sơ đăng ký thuế.
Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm d khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới.
Trong thời gian 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ, cơ quan thuế phải có văn bản thông báo cho doanh nghiệp, hợp tác xã, cơ sở kinh doanh biết việc chấp thuận hay không chấp thuận Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
4. Các trường hợp khác:
a) Trường hợp cơ sở kinh doanh có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng hoạt động này để nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này.
b) Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập khác không thuộc các trường hợp hướng dẫn tại khoản 3 Điều này thì áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này.
Trường hợp hết năm dương lịch đầu tiên từ khi thành lập, doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu từ 1 tỷ đồng trở lên theo cách xác định tại khoản 2 Điều này và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ thì áp dụng phương pháp khấu trừ thuế. Thủ tục chuyển đổi phương pháp tính thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Trường hợp hết năm dương lịch đầu tiên từ khi thành lập, doanh nghiệp, hợp tác xã không đạt mức doanh thu từ một tỷ đồng trở lên thì tiếp tục áp dụng phương pháp tính trực tiếp.
Điều 13. Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng
1. Số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng giá trị gia tăng nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% áp dụng đối với hoạt động mua, bán, chế tác vàng bạc, đá quý.
Giá trị gia tăng của vàng, bạc, đá quý được xác định bằng giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra trừ (-) giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào tương ứng.
Giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra là giá thực tế bán ghi trên hóa đơn bán vàng, bạc, đá quý, bao gồm cả tiền công chế tác (nếu có), thuế giá trị gia tăng và các khoản phụ thu, phí thu thêm mà bên bán được hưởng.
Giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào được xác định bằng giá trị vàng, bạc, đá quý mua vào hoặc nhập khẩu, đã có thuế GTGT dùng cho mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý bán ra tương ứng.
Trường hợp trong kỳ tính thuế phát sinh giá trị gia tăng âm (-) của vàng, bạc, đá quý thì được tính bù trừ vào giá trị gia tăng dương (+) của vàng, bạc, đá quý. Trường hợp không có phát sinh giá trị gia tăng dương (+) hoặc giá trị gia tăng dương (+) không đủ bù trừ giá trị gia tăng âm (-) thì được kết chuyển để trừ vào giá trị gia tăng của kỳ sau trong năm. Kết thúc năm dương lịch, giá trị gia tăng âm (-) không được kết chuyển tiếp sang năm sau.
2. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng như sau:
a) Đối tượng áp dụng:
- Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế quy định tại khoản 3 Điều 12 Thông tư này;
- Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 12 Thông tư này;
- Hộ, cá nhân kinh doanh;
- Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam không theo Luật Đầu tư và các tổ chức khác không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật, trừ các tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu khí.
- Tổ chức kinh tế khác không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã, trừ trường hợp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
