Đây là một quy định thể hiện tư duy mới của các nhà làm luật, đặc biệt đã thừa nhận vị trí của người đồng tính, người chuyển giới; đồng thời cũng thể hiện sự quan tâm, đồng cảm đến họ. Tuy nhiên bên cạnh những mặt tích cực thì việc áp dụng quy định này cũng có nhiều khó khăn trong thực tế.
Khó khăn thứ nhất là với người làm công tác giam giữ, khi đưa ra quyết định về không gian tạm giữ, các cán bộ tại trại giam sẽ phải thực hiện thủ tục xác nhận giới tính. Tuy có thể xác định người đồng giới thông qua tiếp xúc và giao tiếp, bằng cảm nhận nhưng điều này chưa đủ làm cơ sở đưa ra quyết định. Ngoài ra, các thông tin về giới tính ghi trong chứng minh nhân dân, giấy khai sinh và cấu tạo sinh học của các bộ phận cơ thể sẽ gây khó khăn cho việc chứng minh giới tính thật sự bên trong của đối tượng.
Tiếp theo đó, không phải người chuyên giới, người đồng tính nào cũng hoàn thiện, đồng nhất về thể xác và tâm hồn (có những người bề ngoài vẫn là nam song giới tính thật lại là nữ). Nếu người đó được giam chung không gian với những người cùng giới tính tự nhiên là nữ thì cũng không tránh khỏi sự bất tiện, có thể gây tổn hại về sinh lý và tinh thần cho người chuyển giới trong thời gian bị giam giữ.
