"Đối với cá nhân cư trú, thu nhập chịu thuế là thu nhập phát sinh trong và ngoài lãnh thổ Việt Nam, không phân biệt nơi trả thu nhập;
...”
=> Theo đó, người nước ngoài là cá nhân cư trú nên thu nhập chịu thuế là thu nhập phát sinh trong và ngoài lãnh thổ Việt Nam, không phân biệt nơi trả thu nhập. => Tức thu nhập từ hợp đồng lao động với công ty Nhật vẫn chịu thuế tại Việt Nam.
Theo thông tin chị cung cấp thì người lao động ký hợp đồng và làm việc với công ty mẹ, công ty chị chỉ trả lương giúp cho công ty mẹ. => Bản chất ở đây công ty chị và người lao động không phát sinh quan hệ lao động, trả lương do đó bên chị không thực hiện khấu trừ thuế TNCN. Người nước ngoài này có trách nhiệm tự kê khai nộp thuế đối với cơ quan thuế tại Việt Nam từ khoản thu nhập do công ty bên Nhật chi trả.
"3. Khai thuế, nộp thuế:
a) Thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công:
...
a.2) Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công thuộc diện trực tiếp khai thuế với cơ quan thuế bao gồm: cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công được trả từ nước ngoài; cá nhân không cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công phát sinh tại Việt Nam nhưng được trả từ nước ngoài; cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công do các tổ chức Quốc tế, Đại sứ quán, Lãnh sự quán tại Việt Nam chi trả nhưng chưa khấu trừ thuế; cá nhân nhận cổ phiếu thưởng từ đơn vị chi trả.
..."
"Điều 11. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế
Người nộp thuế thực hiện các quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 45 Luật Quản lý thuế và các quy định sau đây:
...
8. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế là cá nhân có phát sinh nghĩa vụ thuế đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công thuộc loại phải quyết toán thuế thu nhập cá nhân theo quy định tại điểm d khoản 4 Điều 45 Luật Quản lý thuế như sau:
a) Cá nhân trực tiếp khai thuế theo tháng hoặc quý theo quy định tại khoản 1 Điều 8, Điều 9 Nghị định này, bao gồm:
a.1) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công do tổ chức, cá nhân tại Việt Nam trả thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân nhưng chưa khấu trừ thuế thì cá nhân nộp hồ sơ khai thuế đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý tổ chức, cá nhân trả thu nhập.
a.2) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công trả từ nước ngoài thì cá nhân nộp hồ sơ khai thuế đến cơ quan thuế quản lý nơi cá nhân phát sinh công việc tại Việt Nam. Trường hợp nơi phát sinh công việc của cá nhân không ở tại Việt Nam thì cá nhân nộp hồ sơ khai thuế đến cơ quan thuế nơi cá nhân cư trú.
..."
Về quyết toán thuế:
"Điều 8. Các loại thuế khai theo tháng, khai theo quý, khai theo năm, khai theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế và khai quyết toán thuế
...
d.2) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công ủy quyền quyết toán thuế cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập, cụ thể như sau:
Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên tại một nơi và thực tế đang làm việc tại đó vào thời điểm tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện việc quyết toán thuế, kể cả trường hợp không làm việc đủ 12 tháng trong năm. Trường hợp cá nhân là người lao động được điều chuyển từ tổ chức cũ đến tổ chức mới theo quy định tại điểm d.1 khoản này thì cá nhân được ủy quyền quyết toán thuế cho tổ chức mới.
Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên tại một nơi và thực tế đang làm việc tại đó vào thời điểm tổ chức, cá nhân trả thu nhập quyết toán thuế, kể cả trường hợp không làm việc đủ 12 tháng trong năm; đồng thời có thu nhập vãng lai ở các nơi khác bình quân tháng trong năm không quá 10 triệu đồng và đã được khấu trừ thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ 10% nếu không có yêu cầu quyết toán thuế đối với phần thu nhập này.
..."
=>Theo đó, công ty chỉ quyết toán thay người lao động nếu họ có ký hợp đồng lao động với công ty chị từ 3 tháng trở lên và thực tế đang làm việc tại công ty chị. Trường hợp chị nêu người này không có hợp đồng lao động với bên chị, bên chị cũng không phát sinh việc trả lương cho người này, chỉ trả thay giúp cho công ty Nhật do đó không thuộc trường hợp được công ty chị quyết toán thuế thay chị nhé. Cá nhân này sẽ tự quyết toán thuế trực tiếp với cơ quan thuế.
