Về vấn đề xác định chi phí hợp lý thì theo mình: Việc mua hàng có thuế hay không thuế GTGT(?) không phải là cơ sở để xác định chi phí có được đưa vào chi phí hợp lý hay không (mua hàng không chịu thuế GTGT vẫn có thể được đưa vào chi phí hợp lý).
Cơ sở để xác định xem chi phí này có phải là chi phí hợp lý hay không đó chính là mục đích của chi phí cũng như hóa đơn chứng từ của chi phí:
Thông tư 78/2014/TT-BTC (sửa đổi ở Thông tư 96/2015/TT-BTC)
"Điều 6. Các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế
1. Trừ các khoản chi không được trừ nêu tại Khoản 2 Điều này, doanh nghiệp được trừ mọi khoản chi nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:
a) Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
b) Khoản chi có đủ hoá đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.
c) Khoản chi nếu có hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT) khi thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế giá trị gia tăng.
Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên ghi trên hóa đơn mà đến thời điểm ghi nhận chi phí, doanh nghiệp chưa thanh toán thì doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Trường hợp khi thanh toán doanh nghiệp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh giảm chi phí đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán bằng tiền mặt (kể cả trong trường hợp cơ quan thuế và các cơ quan chức năng đã có quyết định thanh tra, kiểm tra kỳ tính thuế có phát sinh khoản chi phí này).
Đối với các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ đã thanh toán bằng tiền mặt phát sinh trước thời điểm Thông tư số 78/2014/TT-BTC có hiệu lực thi hành thì không phải điều chỉnh lại theo quy định tại Điểm này.
Ví dụ 7: Tháng 8 năm 2014 doanh nghiệp A có mua hàng hóa đã có hóa đơn và giá trị ghi trên hóa đơn là 30 triệu đồng nhưng chưa thanh toán. Trong kỳ tính thuế năm 2014, doanh nghiệp A đã tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế đối với giá trị mua hàng hóa này. Sang năm 2015, doanh nghiệp A có thực hiện thanh toán giá trị mua hàng hóa này bằng tiền mặt do vậy doanh nghiệp A phải kê khai, điều chỉnh giảm chi phí đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán bằng tiền mặt (kỳ tính thuế năm 2015).
Trường hợp doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp và có hóa đơn in trực tiếp từ máy tính tiền theo quy định của pháp luật về hóa đơn; hóa đơn này nếu có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp căn cứ vào hóa đơn này và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của doanh nghiệp để tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.
Trường hợp doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp và có hóa đơn in trực tiếp từ máy tính tiền theo quy định của pháp luật về hóa đơn; hóa đơn này nếu có giá trị dưới 20 triệu đồng và có thanh toán bằng tiền mặt thì doanh nghiệp căn cứ vào hóa đơn này và chứng từ thanh toán bằng tiền mặt của doanh nghiệp để tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế."
(Tức là nếu chi phí mua hàng này có hóa đơn chứng từ đầy đủ và phục vụ cho hoạt động kinh doanh của đơn vị thì nó sẽ được đưa vào chi phí hợp lý)